Adobe Flash等でいくつかの問題点があるようです。
AppleのJava for OS X Lionを導入しないとうまく動作しないケースが多いようです。アプリケーションが起動しないなどの場合は、これをインストールすることによって回避できそうです。
その他、Rosettaがサポートされなくなったことにより、古いアプリケーションが動かなくなったという報告が相次いでいます。Adobe製品でプロ向けのアプリケーションで有名なCreative Suite CS2以前のアプリは動かないようです。その他にもユーザーの多い1PasswordやBento3、Flip4Mac、Sparrow、Twitterなど重要なアプリの多くが動かないようです。個人的に痛いのが、ZumoDriveですね。これが動かないとドキュメントの同期が面倒です。これらの多くは時間が解決してくれるでしょう。もうしばらく移行することができそうにありません。
LionではSambaを置き換えてくるのではないかと言われていましたが、どうなったのでしょうか。あまり報告を読んでいませんので、問題なかったのでしょうか。
Microsoftから提供されているOffice製品についてもOffice for Macサポートにて対応状況について説明しています。Office2004はもともとPowerPC向けに提供されていた製品のため、動作不可。Office2008とOffice2011は動作問題ないとのことです。Office2011は、OS X Lionから追加されている機能、テクノロジーについてはアプリケーション側での対応を検討していく可能性を示唆しています。